بعد اعلان مار شربل طوباوياً في 5 كانون الاول 1965، ومع تزايد عدد المؤمنين المتهافتين إلى عنّايا، باشر الدّير ببناء كنيسة على اسم مار شربل، تتسع للجموع الغفيرة. فتمّ بناء الكنيسة غربي الدّير.
الكنيسة دائرية الشكل، يقع المذبح في وسطها علامة لتجدّد العالم بشكل دائم، بحيث يستقبل قرابين المصلّين الذين يأتون من جهاتٍ مختلفة ليلتقوا معاً بالمسيح الحيّ الذي يجدّدهم ويحوّل عطاياهم الزائلة إلى حياة أبدية. تعلو المداخل زجاجيّات ملوّنة، تروي أحداثاً ومراحل من حياة القدّيس شربل، نفذها الفنان صليبا الدويهي، وأعاد ترميمها الأب عبدو بدوي.