Apres la béatification de Saint Charbel le 5 décembre 1965 et vu l'accroissement du nombre des croyants qui déferlent a Annaya, le monastère entreprit la construction d'une église portant le nom de Saint Charbel, une église disposée a recevoir des foules denses. Elle fut construite à l'ouest du couvent. L'église a une forme circulaire : l'autel se situe au centre, signe de la rénovation continuelle du monde. Il reçoit les offrandes des priants venus de différentes cotes pour rencontrer ensemble Jésus qui rénove leurs âmes et transforme leurs offrandes ephemeres en une vie éternelle. Des carreaux de verre colore ornent le haut des entrées. Ils évoquent des étapes de la vie de Saint Charbel. Ces carreaux furent réalises par l'artiste Saliba Aldouweihy et restaures par le Père Abdo Badawi.