Le musée du Saint se trouve dans le bâtiment inférieur. Il assemble les soutanes qui couvrirent Saint Charbel dans les differents cercueils dans lesquels il fut déposé après son décès. Ces soutanes présentent des taches d'eau, de sueur et de sang secretes par le corps du Saint. En outre, le musée rassemble une grande collection de lettres envoyées par les croyants des quatre coins du monde ainsi qu'une autre collection de costumes ecclésiastiques, de livres religieux et d'ustensiles liturgiques utilises par le Saint lors de sa vie a Annaya. Le musée comporte également des offrandes et des voux qui témoignent de l'amour de Dieu et qui expriment la gratitude profonde des croyants a l'égard du Saint par l'intercession de qui ils ont reçu des grâces particulières. Actuellement, le musée est équipe par des appareils électroniques qui évoquent la vie du Saint à Annaya.