Después de la beatificación de San Chárbel que se llevó a cabo el 5 de diciembre de 1965 y con un increíble aumento de fieles que venían a Annaya, el monasterio decidió comenzar la construcción de una iglesia con el nombre de San Chárbel, que sirviera para acoger a las multitudes que continuamente llegaban. La iglesia fue construida en la parte oeste del monasterio. La forma de la iglesia es circular. El altar esté colocado en el centro de la nave como símbolo de la constante restauración del mundo, facilitando además, con este diseño, a cuantos se acercan a rezar el poder recibir la Sagrada Comunión desde cualquier punto en que se hallen dentro del templo y puedan con ello tener ese encuentro vivo con Cristo, quien los renueva y les transforma su efímero sacrificio en vida eterna. En la parte superior de cada entrada aparecen una serie de vitrales que representan sucesos y escenas de la vida de San Chárbel. Estos vitrales fueron realizados por el artista Saliba Douiahy y restaurados por el Padre Abdou Badawi.