Bajando las escaleras se ubica el Museo Santo. En él se hallan los ornamentos litúrgicos que le pusieron al cuerpo muerto de San Chárbel en las distintas tumbas en las cuales era colocado su cadáver. Toda esta ropa se arruinaba a consecuencia del continuo sudor sangrentado que segregaba el cuerpo incorrupto del santo. También uno puede ver una gran cantidad de cartas procedentes de muchos países de alrededor del mundo, así como algunos hábitos monásticos, ornamentos litúrgicos y diversos utensilios que utilizó San Chárbel durante su vida. Asimismo se pueden observar “ex votos” y ofrendas que se han dejado en el monasterio después de curaciones milagrosas y como un testimonio del amor de Dios por la humanidad a través de su santo elegido.